Прокуратура Москвы провела проверку, которая показала, что Дмитрия Натаров за время работы на госслужбе стал весьма обеспеченным человеком. Несмотря на то, что с 2011 по 2019 год вместе с женой Натаров заработал всего 12 миллионов рублей, он приобрел землю и дом в Подмосковье, квартиру в Москве, две машины, наручные часы и даже сабли XIX века.
Дмитрий Натаров не смог доказать, что деньги на это имущество он получил законным путем. Также он не смог объяснить, откуда у него взялись 200 миллионов рублей в банке. По слухам, долгие годы Натаров получал взятки от предпринимателей, которым оказывал помощь. Именно поэтому деньги и имущество Натарова взыскали в доход государства.
Позже бывший помощник главы Россельхознадзора стал фигурантом уголовного дела о развращении школьницы. Родители девочки узнали о незаконных действиях Дмитрия Натарова, когда в 2019 году. Тогда ей было уже 16 лет, а началось все, когда ей было всего 13 лет. Несмотря на то, что Натаров был другом семьи, взрослые обратились в полицию. Но сразу уголовное дело по непонятным причинам не возбудили.
Только спустя год расследование сдвинулось с места. При этом сначала имя подозреваемого не раскрывали. По всей видимости, высокий пост Дмитрия Натарова мешал полицейским принять решение о возбуждении уголовного дела. Сейчас это дело рассматривает Савеловский районный суд города Москвы.